ในช่วงเวลานี้ หลังจากชัยชนะทางทหารของเขา เปียร์เกิดความขัดแย้งกับผู้บังคับบัญชาชาวคริโอโยที่มีตำแหน่งสูงกว่า รวมถึงซิมอน โบลิวาร์ ความขัดแย้งนี้ส่งผลให้โบลิวาร์ถอดเปียร์ออกจากการบังคับบัญชาทหารโดยตรง เปียร์จึงขอลาพัก ซึ่งได้รับอนุมัติในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2360

นอกเหนือจากการเรียกร้องเอกราช เปียร์ยังต้องการการแบ่งปันอำนาจที่มากขึ้น สิทธิทางสังคมและสิทธิทางการเมืองสำหรับชาวเมสตีโซ ไม่พอใจกับวิธีที่ชาวเมสตีโซถูกปฏิบัติภายใต้ระบบอาณานิคม เปียร์หวังว่าจะได้รับการปฏิบัติที่ดีขึ้นหลังจากเอาชนะราชวงศ์สเปนได้ อย่างไรก็ตาม ดูเหมือนว่าสิ่งนี้จะไม่เกิดขึ้น เปียร์ที่ขณะนี้ไม่มีทหารให้บังคับบัญชาตัดสินใจที่จะอยู่ในกัวยานาและล๊อบบี้สนับสนุนความคิดเห็นของเขาที่ขัดแย้งกับผู้นำคริโอโยเกือบทั้งหมด (เปียร์เป็นข้อยกเว้นเพียงคนเดียว)

เปียร์อยู่กับผู้บัญชาการทหารอาวุโสคนอื่น ๆ ที่ต่อต้านการนำของโบลิวาร์เช่นกัน รวมถึงโฮเซ่ เฟลิกซ์ ริบาส,ซานติอาโก มารีโญ และโฮเซ่ ฟรานซิสโก เบร์มูเดซ อย่างไรก็ตาม พวกเขาเป็นชาวคริโอโยและเหตุผลในการต่อต้านโบลิวาร์แตกต่างจากเปียร์ที่สนับสนุนสิทธิของชาวเมสตีโซ

ในหนึ่งในเหตุการณ์ที่มืดมนที่สุดของการต่อสู้เพื่อเอกราช โบลิวาร์สั่งให้จับกุมและพิจารณาคดีเปียร์ในข้อหาละทิ้งหน้าที่ ไม่เชื่อฟัง และสมรู้ร่วมคิดต่อต้านรัฐบาล เนื่องจากเปียร์เป็นคนเดียวที่ถูกตั้งข้อหาและจับกุมในเหตุการณ์นี้ เป็นที่ยอมรับทั่วไปว่าโบลิวาร์ต้องการใช้เปียร์เป็นตัวอย่างในหมู่ผู้นำทางทหาร เปียร์เป็นคนโชคร้ายที่ถูกเลือก เขาถูกจับกุมเมื่อวันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2360 และถูกพิจารณาโดยศาลทหารซึ่งพบว่าเขามีความผิดในทุกข้อกล่าวหา และในวันที่ 15 ตุลาคม พ.ศ. 2360 เขาถูกตัดสินประหารชีวิต ในวันเดียวกันนั้น ซิมอน โบลิวาร์ในฐานะผู้บัญชาการสูงสุดได้ยืนยันโทษประหารชีวิต วันถัดมา มานูเอล เปียร์, พลเอกผู้บัญชาการทหารสูงสุด ถูกประหารชีวิตที่กำแพงของมหาวิหารอังโกสตูราโดยหมู่ปืน ในช่วงเวลาที่น่าพิศวง โบลิวาร์ซึ่งตัดสินใจไม่เข้าร่วมการประหารชีวิตได้ยินเสียงปืนจากสำนักงานใกล้เคียงของเขาและกล่าวด้วยน้ำตา “He derramado mi sangre” (ข้าได้หลั่งเลือดของข้า)